氏名 : 高木 広大 (281467082)
所属 : 笹井研
題目 : オーダーメイドライブラリを利用したタンパク質立体構造予測手法の開発
概要 :
〜背景〜
タンパク質の立体構造情報は創薬の場などで用いられる重要な情報である。タンパク質の立体構造予測手法の一つに、既に構造が決定されているタンパク質を鋳型として用いる手法がある。この手法は、アミノ酸配列が似ていれば構造も似ているという経験則を利用した手法であり、予測したい配列と高い配列一致度を示すタンパク質が立体構造データベースに存在する場合は、高い精度で予測できることが知られている。
しかし、予測したいタンパク質との配列一致度が低いものしかデータベースに 存在しない場合は、予測精度が極めて低いことが問題となっている。配列一致度は低くても構造が似ている鋳型構造が データベースに多数あることが知られており、これらを有効利用する立体構造予測法の開発が望まれている。
〜本研究の目的〜
配列一致度は低くても構造が似ている鋳型構造がある場合に、適用可能な立体構造予測手法を開発する。
具体的には、従来よく行われてきた配列比較を行うのではなく、配列と構造の適合具合を評価する新しい方法を提案する。この際、立体構造データベースをそのまま使うのではなく、予測したい配列に応じたオーダーメードなデータベースを使うことが本研究の大きな特徴である。
〜発表内容〜
提案手法の説明、ベンチマークテストの結果、およびそれに基づいた考察を述べる。
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