氏名　: 向　辰朗 (281267294)

所属　: 笹井研

題目　: 配列順序を無視した構造類似性を持つタンパク質ペアの特徴

概要 :

• 【背景】
  タンパク質の立体構造情報は創薬などの際に非常に重要なものである。その立体構造予測手法の１つとして、スレッディング法がある。既に構造が決定されているタンパク質を鋳型する手法であるが、鋳型となりうる立体構造が既知構造データベース上に存在しなければ、原理的に予測不能に陥る。しかし、配列順序（二次構造の繋がり方）を無視することによって、鋳型として用いることのできる構造が増えることがわかった（南、2011)。
• 【目的・手法】
  これまで配列順序を無視する鋳型の選び方は行われていない。本研究ではその確立を目指し、まずは配列順序を無視すると構造がよく重なるタンパク質ペアの持つ特徴を明らかにすることを目的とする。
  そのため、パターン識別器であるSVMを用いる。SVMなどのパターン識別器を用いて配列順序に依らず構造が似ているペアかどうかを分類できれば、そのときに用いた特徴量が構造類似ペアの特徴であると考えられるので、それを判別できる特徴量をSVMを用いて探す。
• 【発表内容】
  既知の代表的な構造類似ペア(True)とそれを元にした偽物(Decoy)を作成した。今回の発表ではSVMでの評価の事前段階として配列一致度などの観点からTrueとDecoyに差異があるかを評価する。