氏名 : 稲波 崇 (281267057)
所属 : 笹井研
題目 : DHFRのフォールディング過程における多次元自由エネルギー曲面
概要 :
タンパク質は１本の鎖状のペプチド鎖が折りたたまれて固有の立体構造をとるまでの間に中間体と呼ばれる比較的安定な構造をとることがある。この折れたたみ（フォールディング）について、ペプチド鎖が空間的に広がろうとすることによる安定化と、ペプチド鎖がアミノ酸間相互作用にってまとまろうとする安定化との競合によって自由エネルギーランドスケープが描け、中間体の解析に有効である。
本研究では2011年に新たに実験で中間体の存在が示されたDHFRについて多次元の自由エネルギーランドスケープを用いた際のフォールディング経路の解析を行った。
その際用いたWSMEモデルは比較的小さなタンパク質のフォールディング過程をうまくシミュレーションできたのに対してDHFRのような比較的大きなタンパク質についてはうまく実験データを十分に再現しきれていない。よって本研究においては、仮想的にペプチド鎖の端と端を結び、円環状にして考えることによって、旧WSMEモデルでは反映されなかったアミノ酸相互作用を取り入れた。この拡張の有効性について議論する。
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