氏名 : 日比野 勝俊 (281167249)
所属 : 美宅研
題目 : AUFplotを用いたDNA結合タンパク質の結合部位予測システムの開発
概要 :
DNAとタンパク質はどちらも生体内で重要な役割を果たす。
タンパク質は２０種類のアミノ酸によって構成されており、
その配列の情報は４種類の塩基からなる塩基配列の形でDNA上にコードされている。
DNAの転写、翻訳、複製という遺伝情報の流れは膨大な数のDNA結合タンパク質に
よって制御されているので、
任意のアミノ酸配列からDNA結合タンパク質の結合部位を予測することは制御の
メカニズムを解明する上でも大きな意味を持つ。
本研究ではタンパク質中の熱揺らぎの大きい部位をとらえるツールである
AUFplotに注目した。
まずヒトのDNAに結合するタンパク質のデータに対して１回膜貫通タンパク質を
予測するシステムであるSOSUImp1を使用し、
細胞質水溶性タンパク質を抽出した。
次に抽出したデータに対しAUFplotを計算したところ、結合部位でのAUFplotの
ピークの頻度に特徴が見られた。
そしてAUFplotのピーク周辺のアミノ酸残基の分布を調べ、分布の傾向に基づき
それらをグループ化してまとめた。
これらの特徴をパラメータとして正準判別分析を用いることで、DNA結合タンパ
ク質の結合部位予測システムの開発を目指した。
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