氏名 : 山浦 雅弘 (280767285)
所属 : 笹井研
題目 : de novoモデリングにおける非経験的フラグメント構造予測法に向けて -
ネイティブフラグメントの物理科学的特性 -
概要 :
タンパク質のde novoモデリング（構造予測）を行う際、現在最も成功し
ている方法はフラグメントアセンブリ(FA)法である。FA法には２つのパートがあ
る。１つめはフラグメント構造候補をアミノ酸配列の類似度を用いて経験的に選
別するフラグメントライブラリの構築。２つめはフラグメント構造候補を用いた
全体構造の構築である。
FA法は強力な手法であるが、まだ改良の余地はある。例えば従来の経験的なフラ
グメントライブラリ構築法では、正解構造を選別できない場合がある。そのた
め、非経験的なフラグメント構造予測法が必要である。
私たちは新たなフラグメントライブラリ構築法を開発するためにまず、タンパク
質の全ての部分構造を表現できる非冗長的なフラグメントライブラリ(NRフラグ
メントライブラリ)を作成した。次にネイティブフラグメントの物理学的特性を
調べるため、NRフラグメントライブラリ内のフラグメントとネイティブフラグメ
ントの比較を行った。
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